発酵初期に乳酸菌が働くと、醤油の風味がより豊かになることが知られています。一般に知られる醤油乳酸菌Tetragenococcosとは異なり、今しぼり醤油ではLactococcusが働いて独特の風味を作っています。
発酵中後期では細菌の多くが活動を停止して眠っているようでした。

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