醤油麹と水300ccをビンに入れよく混ぜます。水は、こだわりの水や 湯冷まし（必ず冷まして）を注ぎ、ロングスプーンなどで混ぜます。仕込んだ日をメモしておくと便利です。名前をつけて可愛がってくださる方もおられます。ビンの下に塩がたまるので、塩分濃度が均一になるように底から混ぜ込みます。その後1週間は、できるだけ毎日、その後1ヶ月は週に1回、それ以降は夏を越すまで1〜2週間に1度混ぜてください。混ぜ方は、忘れていてもまた、思い出してかき混ぜてください。産膜酵母といって白い幕が張ってきたら、「かき混ぜて～。」とお醤油君がサインを出しています。そのままずっと放っておくと、香りが損なわれます。ひどい産膜酵母が張ったら、表面に張ったところだけすくって捨てます。あとは大丈夫！！　混ぜたとき、ビンについた汚れは、キッチンペーパーなどでふき取っておくと、他のカビが生えたりしません。
夏を越すと、メイラード反応といって、美味しい色・美味しい香りを醸し出します。仕込みから半年以上、かつ夏を越えればお醤油の素（もろみ）は出来上がりです。春に仕込んだ方は晩秋まで、秋に仕込んだ方は1年間、晩夏に仕込んだ方は次の夏を越すまで、冬に仕込んだ方は次の秋までじっくり育てましょう。ビターチョコの色になっていれば、しっかり熟成した旨味の多いお醤油です。さらに美味しいお醤油を求めたい方は、ふた夏越すとさらに美味しくなります。